Jeg har ikke gått helt i dybden her, men det første jeg ser i kildekoden er <center>-taggen. Dette er et element du ikke har lyst til å bruke siden det er utgått på dato. I tillegg ser jeg at du har laget siden av table-celler og mikset rundt med CSS både i stilarket og i selve HTML-koden - pluss at du har lagt inn "gammeldags" styling på tabellcellene ("valign" mm.).

Jeg anbefaler at du rekonstruerer hele kodestrukturen og fjerner alt av tabels med mindre du skal vise noe som krever et rutenett (eller hvor det bare er mer effektivt og renere). Til alt annet bør du bruke <div>-elementet, og flytte ALL CSS til stilarket ditt (style.css).

Edit:
Problemet ser altså ut til å være at IE ikke lar tabellcellene overstyre stylingen, og beholder <center> hele veien gjennom til menyen. En hotfix mens du rydder opp kan kanskje være å gjøre som med den andre teksten, å legge et <p>-element rundt menyen.