Nå har jo TS for lengst fått svar på spørsmålet og forklaring på hvorfor.
Det han var ute etter var en teknikk som kalles Alpha Blending, og raster bildeformater som støtter dette er GIF, PNG samt TIFF, noe som allerede er sagt av flere i denne tråden nå. At JPEG ikke støtter Alpha Blending er også korrekt.
At GIF er et dårlig valg er jeg ikke helt enig i, men det er klart at vist man ønsker å reprodusere et fotografi så er ikke GIF noe bra valg pga. sin begrensing med antall farger. Men GIF er enda mye brukt og da ikke pga. at det støtter animasjon eller alpha blending, men fordi det er et velprøvd system og enklere å implementere enn det nyere PNG formatet.
Om dere vil så kan dere lese mere om alpha-blending her :
http://en.wikipedia.org/wiki/Alpha_compositing
Så lenge du åpner en JPEG fil å arbeider med den i PS og får det til å se gjennomsiktigt ut ( transpernt / alpha-blending ) så ser det korrekt ut i PS av den enkle grunn at du ikke har valgt å lagre filen enda, og på den måten så vil PS behandle alt som det var et PSD dokument. Jobber du litt i PS så er det en fordel å kjenne til di div. formatene samt hvilken begrensing di ulike formatene har.