Åtte år gamle Bruno lever et beskyttet liv som sønn av en nazioffiser som når han forfremmes tar med familien fra et behagelig liv i Berlin til et avsides område hvor den ensomme gutten hverken har noe å gjøre eller noen å gjøre det med.

Knekt av kjedsomhet og lokket av nysgjerrighet ignorerer Bruno sin mors gjentatte formaninger om holde seg unna bakhagen og setter kursen mot "gården" han har sett i nærheten.

Der møter han Shmuel, en gutt på hans egen alder, som lever i en fremmed, parallell eksistens på den andre siden av piggtrådgjerdene.
Brunos møte med gutten i den stripede pyjamasen leder ham fra barnlig uskyld til en gryende forståelse av den voksne verden rundt dem, etter hvert som hans møter med Shmuel utvikler seg til et vennskap som får ødeleggende konsekvenser.