Det er nok ikke noe feil med lyden i mkv-filene, men NRK ser ut til å bruke en ganske ny AAC-kodek. Jeg har også en halvgammel WD TV-avspiller som ikke støtter denne kodeken, men du trenger da kun å transkode lyden. Det er ikke nødvendig å bytte til mp4-container. Du kan derfor helt fint erstatte "utfil.mp4" til "utfil.mkv", men det spiller ingen særlig rolle fra eller til.

Hvis du opplever hoppende bilder, som du sier, kan du jo prøve denne kommandoen i stedet, som transkoder fra AAC til AC3:
ffmpeg -i innfil.mkv -vcodec copy -acodec ac3 utfil.mkv