Jeg hadde trodd at passiv 3D skulle være best, da er begge bildene der hele tiden, men med forskjellig polarisering. Aktiv 3D bytter mellom bildene hele tiden, så det kan oppleves som flimring.
Jeg mistenker at dybdeopplevelsen har noe med produksjonen å gjøre, jeg har opplevd god effekt med passive briller på kino, men dårlig med aktive hjemme.

Hvilken projektor har du? Fulgte det med en IR-sender til brillene? Det er nødvendig for å synkronisere brillene.
Når du kjører side-by-side skal ikke bildefrekvensen ut fra PC ha noe å si for 3D.
Du bør bruke HDMI, VGA gir tap av kvalitet.