Effekten klonazepam har på 5-HT (serotonin) er ved å minke utnyttelsen ved neuroner, men dette er fortsatt bare en effekt utløst av binding til sentrale reseptorer i GABA-A (altså ikke 5-HT reseptorer). Det fungerer ikke som en reopptaks-hemmer eller noe som helst ved 5-HT. Og det utgjør (vanligvis) ikke en antidepressiv effekt. Denne effekten er ikke noe å snakke om målt opp til den store hovedsakelige effekten på GABA. Energien kommer nok av den hemmende effekten åpningen av kannalene i GABA utgjør på sentralnervesystemet. Fordi GABA har en mye mer hemmende effekt på kroppen enn det 5-HT har.