Har du prøvd å bruke convert / ImageMagick? Den takler ofte litt rotete ting bra. Ellers er jo pdftk verdt å ta en kik på. Den har ein repair-option som muligens kan funke for deg. Ellers er det mulig du bør ta en kik på xpdf og scripte den til å utputte til ghostscript. Den har afaik egen pdf-motor.

Ellers kan acroread på unix gjere litt i script-mode:
$ acroread -toPostScript foo.pdf
$ file foo.ps
foo.ps: PostScript document text conforming at level 3.1

Greier acrobat på unix å lese dei er det vel fair sjans for at det blir vettug postscript utav dei?