Ville tippet rsync med delta, for å bytte CPU-tid mot overføringsvolum.
Jeg tar da utgangspunkt i å anta at dette dreier seg om store filer, og når du sier at det er ukjent hvor mye som er endret, tar jeg en sjangse og gjetter på at det er mindre endringer innad i filene enn det er nye filer.

Men du må nok prøve deg litt frem for å få det helt optimalt.