Det var vel det at når neo var kobla til mainframen i 01, så hadde mainframen kontakt med neo.
Mainframen kunne ikke slette smith fordi han var et program som hadde blitt laget uten at den hadde styring over det, derfor, når smith tok over neo kunne den styre koden hans, så sletta mainfraimen alle smithene fordi den hadde koden til programmet/Viruset Smith.

likning teorien kan stemme den å.