Du må være registrert og logget inn for å kunne legge ut innlegg på freak.no
X
LOGG INN
... eller du kan registrere deg nå
Dette nettstedet er avhengig av annonseinntekter for å holde driften og videre utvikling igang. Vi liker ikke reklame heller, men alternativene er ikke mange. Vær snill å vurder å slå av annonseblokkering, eller å abonnere på en reklamefri utgave av nettstedet.
  6 2041
Sitter og øver til eksamen og der er det et spm om palindromsekvens. Finner det ikke noe sted i boka (men så vet jeg heller ikke hva det er på engelsk da) etter at jeg slo opp bakerst, og finner heller ikke noe på nett når jeg søker det opp, ei heller fra forelesningsnotatene til foreleseren. Tror egentlig ikke det er så vanskelig, men finner bare ikke ut av det. Hjelp? :angel:

Spm lyder som følger om det er av interesse:

Hvis du får oppgitt at dette, dvs AGTTCG, er halvparten av en palindromsekvens, hva er resten av palindromsekvensen?
GCTTGA?
Trådstarter
8 0
Nope, svaret skal være CGAACT, men hvorfor?
I så fall har jeg misforstått...
Så vidt jeg vet, er et "palindrome" et ord som er det samme, om du leser det forlengs eller baklengs.

AGTTCG + GCTTGA = AGTTCGGCTTGA som er det samme forlengs og baklengs...

AGTTCG + CGAACT = AGTTCGCGAACT som er forskjellig om du leser det forlengs eller baklengs...

jeg aner ikke.
Sjekk wiki her..

Jeg har ikke peil på noe av dette, men dette kom jo opp:
The meaning of palindrome in the context of genetics is slightly different from the definition used for words and sentences. Since a double helix is formed by two paired strands of nucleotides that run in opposite directions in the 5'-to-3' sense, and the nucleotides always pair in the same way (Adenine (A) with Thymine (T) for DNA, with Uracil (U) for RNA; Cytosine (C) with Guanine (G)), a (single-stranded) nucleotide sequence is said to be a palindrome if it is equal to its reverse complement. For example, the DNA sequence ACCTAGGT is palindromic because its nucleotide-by-nucleotide complement is TGGATCCA, and reversing the order of the nucleotides in the complement gives the original sequence.
Vis hele sitatet...
http://en.wikipedia.org/wiki/Palindromic_sequence

ser ut for meg som det har noe med parene å gjøre. A-T, T-A, C-G, G-C.
Master debater
Dekilaz's Avatar
Jeg beklager bruken av engelske låneord - årsaken er at jeg har aldri har hatt noe å gjøre med DNA på norsk. Jeg tar også forbehold for feil her og der, da det begynner å bli en stund siden jeg åpnet kjemibøkene.

Tørr del:
Først må du vite hvordan en nukleotide ser ut, så her har du et bilde av adenosin monofosfat. En nukleotid = pyrimidin eller purin (disse er "base"-delen av DNA) + ribose + fosfat.
Pyrimidinene er cytosin (C) og tymin (T). Purinene er adenin (A) og guanin (G).

Forklaring av bildet:
Øverst til høyre er pyrimidin- eller purinmolekylet (i dette tilfellet adenin, ettersom vi har med adenosin monofosfat å gjøre). Sukkeret ribose er i midten nederst. Til venstre har du fosfatmolekylet.

Se på dette bildet av DNA: http://en.wikipedia.org/wiki/File:DN..._structure.svg

DNA = to rekker (en helix) av nukleotider holdt sammen av et "sugar-phosphate backbone" (ribosen og fosfatet) på utsiden. På innsiden holdes de sammen av hydrogenbindinger, men dette er irrelevant i denne sammenhengen.

Du kan se på ribosen (som nå har blitt deoksyribose) som nukleotidens festepunkt og fosfatet kan være tauet som holder festepunktene sammen.

Som du ser på tegningen av DNA, så er det faktisk to festepunkter på hver deoksyribose også: Karbon nr. 5 og karbon nr. 3. "Tauet" går fra karbon nr. 5 på den ene deoksyribosen til nr. 3 på den andre.

Om du "leser" DNA ovenfra og ned, så vil du se at den ene rekken (engelsk: strand) begynner på nr. 5, mens den andre begynner på nr. 3. Trikset her er at du må skrive dem i samme retning (eks. 5'-3'), så du leser rekken til venstre ovenfra, mens du leser rekken til høyre nedenfra.

På bildet har du sekvensen til venstre ACTG (5'-3', altså ovenfra og ned). Den korresponderende sekvensen leses også som 5'-3' (altså nedenfra og opp). For å finne ut sekvensen til høyre går jeg derfor nedenfra og opp på sekvensen til venstre og lager korresponderende basepar:
1. G passer sammen med C (C)
2. T med A (CA)
3. C med G (CAG)
4. A med T (CAGT)

Juicy del:
I ditt eksempel: AGTTCG på venstre side, XXXXXX på høyre side --> jeg går ut fra at AGTTCG er i retningen 5'-3', og jeg vet at den XXXXXX vil være motsatt (altså i 3'-5') --> For å lese XXXXXX i samme retning som AGTTCG, så må jeg lese AGTTCG bakfra (altså GCTTGA).

Stegvis "dechiffrering" av den høyre rekken i retning 5'-3'
1. G med C (CXXXXX)
2. C med G (CGXXXX)
3. T med A (CGAXXX)
4. T med A (CGAAXX)
5. G med C (CGAACX)
6. A med T (CGAACT)

Si fra om det er noen uklarheter, så skal jeg prøve å fikse dem opp.

For øvrig hadde jeg gjort oppgaven din på en litt enklere og mer nøyaktig måte:

5'-AGTTCG-3' --> 3'-TCAAGC-5' (da slipper du å styre med å snu rundt på tingene)
Sist endret av Dekilaz; 11. mai 2010 kl. 16:09.