Fabrikkinnstilling tar alt det vanlige. Om du er paranoid så kan du flashe helt ny firmware til telefonen ved å bruke en USB-kabel.

For iPhone: https://help.ifixit.com/article/108-dfu-restore
For Samsung kan du bruke SmartSwitch, søk opp "Emergency Software Recovery".
Andre Android-telefoner har egne måter å gjøre det på, søk etter noe som "fabrikant firmware reinstall". Du må IKKE åpne/låse-opp bootloader for å gjøre dette, om du åpner bootloader vil du ikke kunne bruke apper som sjekker for dette, f.eks. Vipps.