Det er litt smertefullt å lese kode uten formatering, og gjerne syntakshighlighting også. Når du skriver kode og en utregning blir gjort et dusin ganger på noen få linjer, er det en god idé for lesbarhetens skyld å bruke en variabel med et fornuftig navn. Hvis sidelengden din skal være a/2 og kvadratet skal tegnes "rundt" origo, blir sidelengden feil når du bruker +- a/2 som koordinat, men at det står "/2" over alt får det til å se riktig ut ved første øyekast likevel - derav viktigheten av god navngivning og lesbar kode.

Så: les feilmeldinger nøye. De er ikke alltid veldig pedagogiske, men de forteller deg som regel noe. Vertices skal være 2D, du oppgir 3D-koordinater. Jeg bruker ikke matplotlib og vet ikke hva den mener med 5 i "5,3" ettersom du oppgir 4 vertices, men 3-eren tyder også på at du oppgir feil antall dimensjoner.