Jeg har ikke spesielt mye erfaring med Samba/AD, men hvis det er fjernet fra Samba så er det nok en ekstremt god grunn. Hvis du skal gjøre livet enkelt så bruker du tdbsam som storage backend for passdb. Det finnes forøvrig OpenLDAP, så du er ikke låst til lukket kildekode.

Det finnes også ganske moderne og åpne implementasjoner som FreeIPA og KeyCloak, som begge er en del av Red Hat Identity Management, og tilbyr det meste av integrasjoner og standarder.